L'organo ZANIN, inserito nella cassa in cornu Evangelii, è un grande strumento di 12 piedi nello stile rinascimentale italiano; conta 17 registri, su un'unica tastiera.
Il prospetto, formato dalle canne del Principale, presenta la tipica disposizione a cinque campate con organetti morti. Sotto il prospetto è collocato, su un somierino a mo' di Brustwerk, un registro ad ancia (Cornamuse), accessibile per l'accordatura attraverso un pannello intagliato.

Le canne sono costruite con le tradizionali leghe di piombo e stagno (95% di stagno per le canne di prospetto, 94% di piombo per le canne interne), secondo misure ricavate dai modelli storici.

La tastiera ha un'estensione di 54 note (Fa0-Do5, senza Fa#0 e Sol#0); la pedaliera, a leggio, ha 18 note (Fa0- Do2, senza Fa#0 e Sol#0). Il Principale Secondo ed i tre Flauti hanno un'estensione di 4 ottave (Do1- Do5); il Cornetto, destinato principalmente all'esecuzione della letteratura spagnola, ha inizio dal Do#3.

L'accordatura secondo il temperamento mesotonico a quarti di comma sintonico, con terze maggiori perfettamente pure, contribuisce in modo determinante a caratterizzare la sonorità dello strumento.

Il corista è più alto di un tono rispetto alla norma moderna (La3=492 Hz), come si riscontra di frequente negli strumenti rinascimentali, e come doveva essere in origine, secondo quanto si può desumere dalle dimensioni delle casse, negli organi del Duomo. La pressione del vento è di 46 mm di colonna d'acqua.

Nella medesima cassa trova posto un secondo organo di 6 registri, completamente indipendente, accordato all'unisono dell'organo settentrionale e pensato per dialogare con questo, in particolare con il Positiv, nell'esecuzione di letteratura a due organi o a due cori con basso continuo.

Questo organetto ha una tastiera di 49 note (Do1-Do5) ed una pedaliera a leggio di 12 note (Do1-Si1). Le misure delle canne e le tecniche di intonazione sono riprese dagli strumenti di scuola callidiana.