Compito primario della Cappella Musicale è il servizio a tutte le più importanti e solenni celebrazioni del Duomo. Pur impegnata a mantenere viva la tradizione di prestigio che le è stata riconosciuta nella storia e alla quale hanno contribuito anche grandi musicisti la Cappella non trascura altresì l'attività concertistica.
Praticando il repertorio sacro di tradizione, dal Rinascimento ai giorni nostri, pone particolare interesse alle opere dei Maestri della Collegiata Monzese, ormai ineseguite da tempo, proponendo anche programmi concertistici rivolti a musicisti poco noti dell'area lombarda. Su questi autori la Cappella compie un lavoro di valorizzazione: ricerca, trascrizione, studio, esecuzione, pubblicazione, incisione e divulgazione.
Negli ultimi anni sono ormai molteplici le esecuzioni di opere inedite, in prima esecuzione moderna, di musiche di proprietà della Cappella stessa. Riguardo ai grandi maestri, il Coro Misto della Cappella ha presentato, in veste concertistica, programmi di ampio respiro, quali l'integrale - in tre serate - dei corali dall'Autografo di Lipsia di J.S.Bach, in forma di alternatim, preludio organistico e corale a quattro voci.
Con intento divulgativo, ha eseguito diversi concerti in Lombardia, con un programma monografico su J. Rheinberger e lo stesso ha recentemente fatto con il musicista francese G. Fauré. Le pagine più significative di musica sacra di Franz Liszt sono state messe in repertorio ed eseguite in concerto. Ha proposto serate monografiche su W.A.Mozart ed ha curato una versione latina del Te Deum di H.Purcell, eseguendolo nel Duomo per l'apertura del Grande Giubileo del 2000. Una recente collaborazione con il compositore estone Arvo Pärt, ha prodotto la versione latina dell'opera Beatitudines, per coro a quattro voci miste ed organo, commissionata dalla Cappella stessa e per essa approntata. Dopo intensi contatti tra la direzione artistica della Cappella ed il Compositore, allo scopo di guidare la realizzazione dell'opera, al Coro Misto dell'Istituzione monzese ne è stata proposta la prima esecuzione mondiale.
L'interesse per la formazione corale e la divulgazione della pratica del canto corale, hanno portato ad istituire la Scuola di Disciplina Corale, una realtà ormai consolidata, unica nel suo genere non solo per il circondario, voluta e gestita dalla Cappella stessa. Dai corsi biennali escono regolarmente un buon numero di cantori. Alcuni di essi entrano a far parte dell'organico stabile del coro, altri tornano ai cori della Lombardia che - d'accordo con la direzione della Cappella - li hanno inviati per un periodo di formazione. Anche semplici amatori della musica trovano, all'interno della Scuola, la possibilità di essere introdotti al linguaggio musicale e di praticarlo attraverso l'attività corale. All'interno della Cappella Musicale del Duomo operano, oltre al Maestro di Cappella, all'organista e agli strumentisti che di volta in volta necessitano per le esecuzioni, diverse formazioni corali: il coro misto, il coro femminile, il coro maschile ed un gruppo di Canto Gregoriano.